경정청구 거부 통지 받은 뒤 2026년 대응법 (포기했던 건도 다시 열립니다)

세무서에서 온 한 장짜리 통지문에는 대개 "경정하여야 할 이유가 없다"는 문장만 적혀 있습니다. 그 한 줄 뒤에는 서로 다른 속도로 도는 시계가 두 개 걸려 있고, 어느 쪽을 먼저 보느냐에 따라 남는 선택지가 달라집니다.

경정청구 통지서에 적힌 말부터 가른다

같은 "안 된다"라도 성격이 다릅니다. 보정을 요구한 것인지, 실체를 따져 거부한 것인지, 아예 청구 자체가 부적법하다고 본 것인지가 통지문 문구에 드러납니다.

세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결정·경정하거나 "결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻"을 통지해야 합니다(「국세기본법」 제45조의2 제3항). 이 문구가 그대로 적혀 왔다면 실체 판단을 거친 거부처분입니다.

통지서에 적힌 말	실제 성격	남아 있는 길	세는 기한
보정할 것을 요구합니다	아직 거부가 아님	자료를 채워 다시 제출	30일 이내(시행령 제25조의3)
경정하여야 할 이유가 없습니다	거부처분	불복 또는 재청구	통지받은 날부터 90일 / 법정신고기한 후 5년
청구기간이 지나 부적법합니다	각하	후발적 사유 여부부터 확인	사유를 안 날부터 3개월
2개월이 지나도록 아무 통지 없음	응답 없음	통지 전이라도 불복 가능	2개월이 되는 날의 다음 날부터

표의 마지막 줄은 조문에 명시된 장치입니다. 제45조의2 제3항 단서가, 2개월 안에 통지를 받지 못했으면 통지를 받기 전이라도 이의신청·심사청구·심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있도록 열어 두었습니다.

세무서가 2개월 안에 결론을 내기 어려우면 진행 상황과 함께 그 사실을 알려야 할 의무도 있습니다(같은 조 제4항). 아무 연락 없이 넉 달이 지났다면 그건 기다릴 일이 아닙니다.

경정청구 반려는 보정요구·거부·각하 세 종류다

보정요구는 반려가 아니라 중간 단계입니다. 세무서장은 경정청구 내용에 보정이 필요하다고 보면 30일 이내의 기간을 정해 보정을 요구할 수 있고, 그 보정기간은 제45조의2 제3항의 2개월에 산입하지 않습니다(「국세기본법 시행령」 제25조의3).

산입하지 않는다는 대목이 중요합니다. 자료를 늦게 내면 처리 시계가 그만큼 멈춰 있을 뿐, 청구가 취소되지는 않습니다. 다만 정한 기간 안에 보정을 하지 않으면 그 상태에서 거부로 넘어갑니다.

거부는 실체를 따져 "이유 없다"고 본 것이고, 각하는 청구 자체를 받아들일 수 없다고 본 것입니다. 이 둘의 차이가 뒤에서 결정적으로 갈립니다.

대법원은 경정청구기간이 지난 뒤에 낸 청구에 대해서는 과세관청에 결정·경정할 의무가 없으므로, 거절했더라도 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다고 판시했습니다(2017두38812, 2017년 8월 23일 선고). 기간이 지난 건은 불복해도 각하로 끝난다는 뜻입니다.

경정청구 거부 통지를 받은 날부터 두 시계가 돌아간다

하나는 90일짜리, 다른 하나는 5년짜리입니다. 둘은 기산점도 다르고 재는 대상도 다릅니다.

90일은 불복의 시계입니다. 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기해야 하고(제61조 제1항), 심판청구도 같은 기준입니다(제68조 제1항).

5년은 청구 자체의 시계입니다. 제45조의2 제1항은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 정합니다.

이 두 시계는 서로를 멈추지 않습니다.

그래서 자료를 더 모아 다시 넣을지, 90일 안에 불복을 걸지를 거부 통지를 받은 그 주에 정하는 편이 안전합니다. 자료 보강에 넉 달을 쓰면 5년은 남아 있어도 90일은 이미 없습니다.

같은 내용으로 다시 넣는 재경정청구가 막혀 있지 않다

거부 통지를 받았다고 해서 그 사건이 닫히는 것은 아닙니다. 국세청이 이 점을 직접 회신한 해석이 있습니다.

최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구한 자는 같은 조 제3항 본문에 따라 관할 세무서장으로부터 그 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 통지받은 경우에도 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에는 동일한 내용으로 그 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 다시 청구할 수 있는 것입니다.

— 출처: https://casenote.kr/%EA%B5%AD%EC%84%B8%EC%B2%AD/%EA%B8%B0%EC%A4%80-2020-%EB%B2%95%EB%A0%B9%ED%95%B4%EC%84%9D%EA%B8%B0%EB%B3%B8-0186-c82a20 (국세청 기준-2020-법령해석기본-0186, 2021년 1월 14일)

"동일한 내용으로"라는 말이 붙어 있습니다. 새로운 사유를 만들어 오라는 조건이 조문에도 해석에도 없고, 재차 청구를 제한하는 규정 자체가 없다는 것이 이 해석의 근거입니다.

현실적으로는 같은 자료를 그대로 다시 내면 같은 결론이 옵니다. 재청구가 의미를 갖는 경우는 처음에 빠졌던 증빙을 확보했거나, 거부 통지에 적힌 사유를 정면으로 반박할 자료가 새로 생겼을 때입니다.

한 가지만 다시 짚습니다. 재청구를 준비하는 동안에도 최초 거부처분에 대한 90일은 계속 줄어듭니다.

90일 안에 고를 세 갈래 — 이의신청·심사청구·심판청구

불복은 가짓수가 정해져 있습니다. 위법하거나 부당한 처분을 받은 사람은 그 취소 또는 변경을 청구할 수 있고(제55조 제1항), 같은 처분에 대해 심사청구와 심판청구를 중복해서 내는 것은 금지됩니다(같은 조 제9항).

갈래	내는 곳	내는 기한	결정 기한	그다음
이의신청	처분한 세무서장 또는 관할 지방국세청장	통지받은 날부터 90일	30일(의견서에 항변하면 60일)	결정 통지 후 90일 안에 심사·심판
심사청구	국세청장	통지받은 날부터 90일	90일(제65조 제2항)	결정 통지 후 90일 안에 행정소송
심판청구	조세심판원장	통지받은 날부터 90일	90일(제80조의2가 제65조 준용)	결정 통지 후 90일 안에 행정소송
감사원 심사청구	감사원	안 날부터 90일, 있은 날부터 180일	「감사원법」에 따름	국세기본법상 불복 대상에서 제외(제55조 제1항 제2호)

이의신청은 건너뛸 수 있는 단계입니다. 거치고 싶다면 먼저 내면 되고, 이의신청 결정 통지를 받은 날부터 다시 90일 안에 심사청구나 심판청구로 올라갑니다(제61조 제2항).

세금 사건은 심사청구나 심판청구와 그 결정을 거치지 않으면 행정소송을 낼 수 없습니다(제56조 제2항). 그 소송도 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내여야 합니다(같은 조 제3항).

숫자로 보면 이 길이 헛수고는 아닙니다. 조세심판원의 2025 조세심판통계연보 기준 인용률은 23.5%로 전년 27.3%보다 3.8%포인트 내려갔지만, 2022년 14.4%와 비교하면 여전히 높은 수준입니다.

5년을 잘못 세면 경정청구 자체가 각하된다

기산점은 "법정신고기한이 지난 후"입니다. 종합소득세라면 다음 해 5월 31일이 지난 때부터 5년입니다.

근로소득 연말정산만 한 사람은 읽는 자리가 다릅니다. 제45조의2 제5항은 원천징수대상자에 대해 제1항을 준용하면서, "법정신고기한이 지난 후"를 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로 바꿔 읽도록 정해 두었습니다.

시중 안내문은 대개 "다음 해 6월 1일부터 5년"으로 적습니다. 조문이 가리키는 날짜와 같은지는 건별로 달라질 수 있으니, 5년 끝자락에 걸린 연도가 있다면 이른 쪽 날짜를 기준으로 움직이는 편이 안전합니다.

환급가산금 기산일은 또 다른 층입니다. 국세청은 근로소득자의 연말정산세액 경정청구에 따라 2021년 2월 17일 이후 지급하는 국세환급금의 가산금 기산일을 종합소득세 법정신고기한 만료일의 다음 날로 보았습니다(기준-2021-법령해석기본-0036, 2021년 4월 1일). 청구할 수 있는 기간과 이자가 붙기 시작하는 날은 같은 날이 아닙니다.

5년이 지난 건이라도 후발적 사유가 있으면 문이 따로 열립니다. 판결로 거래가 다른 것으로 확정됐거나 소득의 귀속이 제3자에게 바뀐 경우 등은 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 청구할 수 있습니다(제45조의2 제2항).

다만 이 3개월도 지키지 않으면 각하됩니다. 조세심판원은 2015·2016년 귀속분을 청구기한 초과로 정리하고 2017년 귀속분만 실체 판단으로 넘긴 사건에서, 거부 처분에 잘못이 없다고 결정했습니다(조심2023전3204, 2023년 7월 20일).

기한후신고를 했어도 경정청구 대상이 된다

한때는 기한후신고자에게 이 문이 닫혀 있었습니다. 국민권익위원회에 접수된 고충민원이 그 상황을 그대로 보여 줍니다.

신고 내용에 오류나 탈루가 있어도 기한후신고를 했다는 이유만으로 경정청구 등을 허용하지 않는 것은 납세자에 대한 지나친 권리침해

— 출처: https://www.acrc.go.kr/board.es?mid=a10504010000&bid=1010&tag=&act=view&list_no=27335&nPage=70 (국민권익위원회 고충민원 의결, 2018년 1월 8일 시정권고)

위원회는 기한후신고자에게 수정신고와 경정청구를 제한하는 것이 납세의무의 본질적 내용을 침해한다고 보고 제45조와 제45조의2의 개정을 권고했습니다. 이후 2019년 12월 31일 법률 제16841호로 개정되면서 2020년 1월 1일부터 기한후과세표준신고서를 제출한 자도 청구 대상에 들어왔습니다.

지금 조문 제1항은 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자"로 시작합니다. 신고를 늦게 했다는 이유만으로 반려됐다면 그 통지 자체를 다시 봐야 합니다.

아직 아무 신고도 하지 않은 상태라면 순서가 다릅니다. 기한후신고를 먼저 하고, 그 신고 내용이 과다했을 때 경정청구로 넘어가는 구조입니다.

증빙 부족으로 경정청구가 막혔을 때 채워야 할 것

거부 사유 중 가장 흔한 형태가 "객관적 증빙 부족"입니다. 심판 단계에서도 이 벽은 그대로 남습니다.

청구인이 제시한 증빙만으로는 청구인이 쟁점사업장의 실제 사업자가 아니라는 점이 구체적·객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

— 출처: https://casenote.kr/%EC%A1%B0%EC%84%B8%EC%8B%AC%ED%8C%90%EC%9B%90/%EC%A1%B0%EC%8B%AC2023%EC%A0%843204 (조세심판원 조심2023전3204, 2023년 7월 20일)

입증 책임이 청구한 쪽에 있다는 점이 결정문에 반복해서 나옵니다. 세무서가 "아니라는 증거가 없다"를 깨 주지 않습니다.

그래서 보강할 자료는 "지출이 있었다"가 아니라 "그 지출이 최초 신고에서 빠졌다"를 보이는 쪽이어야 합니다. 아래 다섯 가지는 재청구나 불복 전에 확보해 두면 판단이 빨라집니다.

- 최초 신고서와 원천징수영수증: 어느 칸이 비어 있었는지를 지목할 수 있어야 합니다

- 결제 흐름: 계좌이체 내역, 카드 전표처럼 상대방과 금액이 동시에 드러나는 자료

- 제3자 발행 서류: 의료비 납입확인서, 기부금영수증, 임대차계약서와 확정일자

- 거부 통지문 원본: 세무서가 든 사유가 기간인지 증빙인지에 따라 다음 수가 갈립니다

- 보정요구 공문: 요구받은 항목과 제출한 항목을 대조한 표

서류를 다 갖췄는데도 같은 사유로 또 거부된다면, 그때는 자료 문제가 아니라 법령 해석 다툼입니다. 그 다툼은 심판청구에서 다루는 편이 맞습니다.

지방소득세 경정청구는 창구가 따로다

소득세를 경정받았다고 개인지방소득세가 함께 돌아오지는 않습니다. 부과 주체가 다른 별개의 세목이라 청구도 따로 냅니다.

「지방세기본법」 제50조는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 지방자치단체의 장에게 결정 또는 경정을 청구할 수 있도록 정합니다. 국세와 같은 5년이지만 받는 곳이 시·군·구청이고, 창구는 위택스(서울은 서울시 ETAX)입니다.

정부24의 민원 안내에 적힌 처리기간도 약 2개월로 국세 쪽과 비슷합니다. 근거 조문이 국세기본법 제45조의2에서 지방세기본법 제50조로 바뀔 뿐, 준비할 서류의 성격은 크게 다르지 않습니다.

국세 쪽이 인용돼도 지방세 쪽 청구를 안 넣었다면 그 금액은 그대로 남아 있습니다. 소득세 환급 결정문을 받은 날이 지방소득세 청구를 준비할 날입니다.

불복 기간까지 지났다면 고충민원이라는 문이 남는다

90일도 지나고 5년도 지났다면 정식 구제 절차는 닫힙니다. 남는 것은 과세관청의 직권 시정을 구하는 고충민원입니다.

납세자보호담당관실이나 국민신문고로 접수하며, 권리 구제 절차가 아니라 행정의 재량에 기대는 통로입니다. 받아들여지지 않아도 그 결정 자체를 다투기 어렵습니다.

대가도 있습니다. 「국세기본법」 제52조 제3항은 일정한 사유 없이 고충민원 처리에 따라 국세환급금을 충당하거나 지급하는 경우에는 국세환급가산금을 가산하지 않는다고 정합니다.

고르는 길	언제 가능한가	얻는 것	치르는 것
재청구	법정신고기한 후 5년 안	보강한 자료로 처음부터 다시 판단	그동안 90일 불복 기간은 계속 줄어듦
불복	통지받은 날부터 90일 안	제3의 기관 판단, 행정소송으로 연결	기간을 넘기면 각하
고충민원	기간 제한 없음	직권 시정의 여지	환급가산금이 안 붙을 수 있음

세 줄 중 위 두 줄이 살아 있는 동안에는 아래 줄로 내려갈 이유가 없습니다.

경정청구 거부 대처, 자주 묻는 것

거부 통지를 받았는데 다시 청구하면 세무조사를 받나요

경정청구가 세무조사로 직결되는 규정은 없습니다. 다만 청구 내용을 확인하려고 자료 제출을 요구받을 수는 있고, 그 요구는 조사와 별개의 절차입니다.

재청구를 하면 90일 불복 기간이 다시 시작되나요

최초 거부처분에 대한 90일은 재청구와 무관하게 흘러갑니다. 불복을 남겨 두고 싶다면 재청구와 별개로 기간 안에 이의신청이나 심판청구를 접수해 두는 편이 안전합니다.

보정요구에 정해진 30일을 넘기면 어떻게 되나요

보정을 하지 않은 상태로 판단이 내려집니다. 자료 준비에 시간이 더 필요하면 기한 안에 사유를 적어 연장을 요청하고, 그 요청 사실을 기록으로 남겨 두십시오.

세무서가 2개월이 지나도록 아무 연락이 없습니다

제45조의2 제3항 단서에 따라 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지를 받기 전이라도 이의신청·심사청구·심판청구를 할 수 있습니다. 기다릴지 올릴지는 선택이지, 기다려야 하는 상황은 아닙니다.

5년이 지난 연도인데 최근 판결로 사정이 바뀌었습니다

후발적 사유에 해당하면 안 날부터 3개월 안에 청구할 수 있습니다. 다만 법령 해석이 바뀐 것만으로는 후발적 사유로 인정되지 않는다는 것이 대법원 2017두38812의 판단입니다.

대행업체에 맡기면 성공률이 올라가나요

자료 정리와 서면 작성은 도움이 되지만, 없는 증빙이 생기지는 않습니다. 수수료가 환급액에 비례하는 구조라면 청구 가능 금액과 수수료율을 먼저 문서로 확인하십시오.

통지서에서 먼저 확인할 두 날짜

거부 통지문을 다시 꺼내 두 날짜에 표시를 하십시오. 하나는 통지를 받은 날이고, 여기에 90일을 더한 날이 이의신청·심사청구·심판청구의 마지막 날로 남습니다.

다른 하나는 그 세금의 법정신고기한입니다. 여기에 5년을 더한 날까지는 같은 내용으로 다시 청구할 길이 열려 있고, 그 사이에 확보한 증빙은 재청구와 불복 양쪽에 그대로 쓰입니다.

두 날짜 중 먼저 오는 쪽이 대개 90일입니다.

참고 자료

- 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구): https://casenote.kr/%EB%B2%95%EB%A0%B9/%EA%B5%AD%EC%84%B8%EA%B8%B0%EB%B3%B8%EB%B2%95/%EC%A0%9C45%EC%A1%B0%EC%9D%982

- 국세기본법 제55조(불복): https://casenote.kr/%EB%B2%95%EB%A0%B9/%EA%B5%AD%EC%84%B8%EA%B8%B0%EB%B3%B8%EB%B2%95/%EC%A0%9C55%EC%A1%B0

- 국세기본법 제61조(청구기간): https://casenote.kr/%EB%B2%95%EB%A0%B9/%EA%B5%AD%EC%84%B8%EA%B8%B0%EB%B3%B8%EB%B2%95/%EC%A0%9C61%EC%A1%B0

- 국세기본법 제65조(결정): https://casenote.kr/%EB%B2%95%EB%A0%B9/%EA%B5%AD%EC%84%B8%EA%B8%B0%EB%B3%B8%EB%B2%95/%EC%A0%9C65%EC%A1%B0

- 국세기본법 제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용): https://casenote.kr/%EB%B2%95%EB%A0%B9/%EA%B5%AD%EC%84%B8%EA%B8%B0%EB%B3%B8%EB%B2%95/%EC%A0%9C80%EC%A1%B0%EC%9D%982

- 국세기본법 제56조(다른 법률과의 관계): https://casenote.kr/%EB%B2%95%EB%A0%B9/%EA%B5%AD%EC%84%B8%EA%B8%B0%EB%B3%B8%EB%B2%95/%EC%A0%9C56%EC%A1%B0

- 국세청 법령해석 기준-2020-법령해석기본-0186(재청구 가능 여부): https://casenote.kr/%EA%B5%AD%EC%84%B8%EC%B2%AD/%EA%B8%B0%EC%A4%80-2020-%EB%B2%95%EB%A0%B9%ED%95%B4%EC%84%9D%EA%B8%B0%EB%B3%B8-0186-c82a20

- 조세심판원 조심2023전3204: https://casenote.kr/%EC%A1%B0%EC%84%B8%EC%8B%AC%ED%8C%90%EC%9B%90/%EC%A1%B0%EC%8B%AC2023%EC%A0%843204

- 국민권익위원회 고충민원 의결(기한 후 과세표준신고자의 경정청구 등 허용): https://www.acrc.go.kr/board.es?mid=a10504010000&bid=1010&tag=&act=view&list_no=27335&nPage=70

- 과세표준 및 세액의 결정(경정) 청구서 서식(국세청): https://www.nts.go.kr/nts/na/ntt/selectNttInfo.do?nttSn=1002167&mi=135790

- 지방세 과세표준 및 세액 등의 결정 또는 경정 청구(정부24 민원 안내): https://www.gov.kr/mw/AA020InfoCappView.do?HighCtgCD=A09002&CappBizCD=17400000002&tp_seq=